Mac OS X 10.8+MySQL5.6の環境でmysqlコマンドでログインしようとすると、
'sending authentication information', system error: 32".
といったエラーが出て、mysqlへのログインすら不可能になってしまいました。

どうやら、MySQL5.6から
innodb_file_per_tableのデフォルト値が変わったのが原因みたいです。

my.cnfに
innodb_file_per_table = OFF
を書くことでで解決します。
参考

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